The microbiome along the gum-gut axis: biobank creation, multiOMICS phenotyping and effect of periodontal treatment (the Gum-Gut Project). Finanziato dall’Unione europea – Next Generation EU”

Crescenti evidenze scientifiche suggeriscono che la cavità orale e il tratto gastrointestinale agiscono come un continuum funzionale e patologico. In effetti, è necessaria una caratterizzazione più approfondita dell’interazione microbioma-ospite in queste due nicchie anatomiche interconnesse nella salute e nella malattia, insieme a una valutazione longitudinale dei potenziali cambiamenti dopo interventi mirati al microbioma. Pertanto, lo scopo di questa ricerca è quello di integrare e confrontare profili distintivi multi-campione e multiOMICS di soggetti con salute orale e pazienti con parodontite grave al fine di ottenere una migliore comprensione della fisiopatologia dell'asse gengiva-intestino per future applicazioni di medicina di precisione. Obiettivi specifici saranno: - Creare la prima biobanca italiana e un archivio di dati anonimizzati per l'archiviazione multi-campione (saliva, placca dentale, plasma e feci) di soggetti con diversi stadi di salute e malattia parodontale. - Applicare strategie multiOMICS (metagenomica, metabolomica, miRNAomica) per profilare i fenotipi molecolari di pazienti con parodontite grave (stadio III-IV) in campioni orali e intestinali rispetto a quelli di soggetti di controllo con una condizione parodontale sana. - Valutare longitudinalmente i cambiamenti tassonomici e funzionali che si verificano a livello microbico intestinale dopo un intervento mirato al microbioma orale (trattamento parodontale convenzionale senza antibiotici). - Costruire firme multiOMICS di salute e malattia utilizzando approcci basati sui dati mediante modellazione supervisionata e strategie di selezione delle caratteristiche. Verranno effettuati il perfezionamento, il test e la validazione dei big data di specifici ceppi batterici, dei loro geni codificati e dei sottoprodotti metabolici per identificare i biomarcatori della malattia. Per raggiungere questi obiettivi, raccogliamo campioni umani multipli utilizzando protocolli ben definiti sia da pazienti con parodontite che da soggetti con salute orale, e creeremo una nuova "banca parodontale" e un archivio di dati anonimizzati da sfruttare per il presente e studi futuri, nonché incoraggiare collaborazioni internazionali. Inoltre, applicheremo il fucile più avanzato approcci metagenomici, metabolomica mirata e non mirata e analisi del miRNAoma per caratterizzare profondamente i fenotipi molecolari salivari e fecali di pazienti con parodontite e soggetti con salute orale abbinati per età e sesso e per identificare profili tassonomici e funzionali differenzialmente espressi. Ciò ci consentirà di capire se la disbiosi orale è correlata ad alterazioni microbiche intestinali e/o arricchimento fecale di specifici ceppi batterici di origine orale, nonché all'interazione con la regolazione dell'espressione genica e il metabolismo dell'ospite. Infine, per capire se una perturbazione della disbiosi microbica orale possa influire ecologia intestinale, forniremo terapia parodontale non chirurgica a pazienti con parodontite grave e confronteremo i cambiamenti nei profili multiOMICS orale e intestinale dopo 3 mesi.